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<title>Transkriptom</title>
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<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">Transkriptom</span></h1>
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<div id="mw-content-text" class="mw-body-content mw-content-ltr" lang="de" dir="ltr"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="de" dir="ltr"><p>Das <b>Transkriptom</b> ist die Summe aller zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer <a href="Zelle_(Biologie)" title="Zelle (Biologie)">Zelle</a> <a href="Transkription_(Biologie)" title="Transkription (Biologie)">transkribierten</a>, das heißt von der <a href="Desoxyribonukleins%C3%A4ure" title="Desoxyribonukleinsäure">DNA</a> in <a href="Ribonukleins%C3%A4ure" title="Ribonukleinsäure">RNA</a> umgeschriebenen <a href="Gen" title="Gen">Gene</a>, also die Gesamtheit aller in einer Zelle hergestellten RNA-<a href="Molek%C3%BCl" title="Molekül">Moleküle</a>.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Eigenschaften">Eigenschaften</h2></div>
<p>Der Begriff ist vergleichbar mit dem <a href="Proteom" title="Proteom">Proteom</a>, der Gesamtheit der zu einem bestimmten Zeitpunkt in einer Zelle vorliegenden <a href="Proteine" class="mw-redirect" title="Proteine">Proteine</a>. Da aber nicht jede nach der Transkription vorliegende RNA, wie z. B. <a href="Ribosomale_RNA" title="Ribosomale RNA">rRNA</a> oder die RNA von <a href="Ribonukleoprotein" title="Ribonukleoprotein">Ribonukleoproteinen</a>, in ein Protein übersetzt (<a href="Translation_(Biologie)" title="Translation (Biologie)">translatiert</a>) wird und <a href="MRNA" title="MRNA">mRNAs</a> noch <a href="RNA-Prozessierung" class="mw-redirect" title="RNA-Prozessierung">prozessiert</a> werden können, sind Proteom und Transkriptom einer Zelle nicht identisch.
</p><p>Zur Analyse des Transkriptoms wird in aller Regel auf Methoden wie eine <a href="RT-PCR" class="mw-redirect" title="RT-PCR">RT-PCR</a> mit degenerierten <a href="Primer" title="Primer">Primern</a> zurückgegriffen, gefolgt von einem <a href="DNA-Chip-Technologie" title="DNA-Chip-Technologie">DNA-Microarray</a> oder einer <a href="DNA-Sequenzierung" title="DNA-Sequenzierung">DNA-Sequenzierung</a> im Hochdurchsatz (<a href="RNA-Seq" title="RNA-Seq">RNA-Seq</a>). RNA-Protein-Interaktionen können mit Methoden wie <a href="RIP-Chip" title="RIP-Chip">RIP-Chip</a>, <a href="CLIP-Seq" title="CLIP-Seq">CLIP-Seq</a>, <a href="PAR-CLIP" title="PAR-CLIP">PAR-CLIP</a> oder <a href="ICLIP" title="ICLIP">ICLIP</a> untersucht werden.<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-pmid20371350_3-0" class="reference"><a href="#cite_note-pmid20371350-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-4" class="reference"><a href="#cite_note-4"><span class="cite-bracket">[</span>4<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> Eine andere Methode, bei der auch die Aktivität unbekannter Gene beobachtet werden kann, ist die so genannte <a href="Serielle_Analyse_der_Genexpression" title="Serielle Analyse der Genexpression">Serielle Analyse der Genexpression</a> (SAGE) und <a href="SuperSAGE" title="SuperSAGE">SuperSAGE</a>.
</p><p>Unter dem Begriff der <i>Transkriptomik</i> versteht man die Studie der <a href="MRNA" title="MRNA">mRNA</a>-Expression einer Zelle. Der Begriff ist eine Analogie zum Begriff <a href="Proteomik" title="Proteomik">Proteomik</a><sup id="cite_ref-Voet_5-0" class="reference"><a href="#cite_note-Voet-5"><span class="cite-bracket">[</span>5<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> und synonym zur <a href="Genexpressionsanalyse" title="Genexpressionsanalyse">Genexpressionsanalyse</a>.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Literatur">Literatur</h2></div>
<ul><li><a href="Volker_Erdmann" title="Volker Erdmann">Volker Erdmann</a>, Jan Barciszewski: <i>RNA Technologies</i>, Springer Berlin, 2012, ISBN 978-3642264900.</li></ul>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>
<ol class="references">
<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text">Khalil AM, Guttman M, Huarte M, <i>et al.</i>: <cite style="font-style:italic">Many human large intergenic noncoding RNAs associate with chromatin-modifying complexes and affect gene expression</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.</cite> 106. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>28</span>, Juli 2009, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>11667–72</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1073/pnas.0904715106">10.1073/pnas.0904715106</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19571010?dopt=Abstract">PMID 19571010</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2704857/">PMC 2704857</a> (freier Volltext).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Transkriptom&rft.atitle=Many+human+large+intergenic+noncoding+RNAs+associate+with+chromatin-modifying+complexes+and+affect+gene+expression&rft.au=Khalil+AM%2C+Guttman+M%2C+Huarte+M%2C+...&rft.date=2009-07&rft.doi=10.1073%2Fpnas.0904715106&rft.genre=journal&rft.issue=28&rft.jtitle=Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A.&rft.pages=11667-72&rft.pmc=2704857&rft.pmid=19571010&rft.volume=106.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>
</li>
<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">Darnell RB: <cite style="font-style:italic">HITS-CLIP: panoramic views of protein-RNA regulation in living cells</cite>. In: <cite style="font-style:italic">Wiley Interdiscip Rev RNA.</cite> 1. Jahrgang, 2010, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>266–86</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1002/wrna.31">10.1002/wrna.31</a></span>.<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Abook&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Transkriptom&rft.atitle=HITS-CLIP%3A+panoramic+views+of+protein-RNA+regulation+in+living+cells&rft.au=Darnell+RB&rft.btitle=Wiley+Interdiscip+Rev+RNA.&rft.date=2010&rft.doi=10.1002%2Fwrna.31&rft.genre=book&rft.pages=266-86&rft.volume=1.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>
</li>
<li id="cite_note-pmid20371350-3"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-pmid20371350_3-0">↑</a></span> <span class="reference-text">Hafner M, Landthaler M, Burger L, Khorshid M, Hausser J, Berninger P, Rothballer A, Ascano M Jr, Jungkamp AC, Munschauer M, Ulrich A, Wardle GS, Dewell S, Zavolan M, Tuschl T.: <cite style="font-style:italic">Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.</cite> In: <cite style="font-style:italic">Cell</cite>. 141. Jahrgang, <span style="white-space:nowrap">Nr.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>1</span>, 2010, <span style="white-space:nowrap">S.<span style="display:inline-block;width:.2em"> </span>129–141</span>, <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1016/j.cell.2010.03.009">10.1016/j.cell.2010.03.009</a></span>, <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20371350?dopt=Abstract">PMID 20371350</a>, <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2861495/">PMC 2861495</a> (freier Volltext).<span class="Z3988" title="ctx_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info%3Aofi%2Ffmt%3Akev%3Amtx%3Ajournal&rfr_id=info:sid/de.wikipedia.org:Transkriptom&rft.atitle=Transcriptome-wide+identification+of+RNA-binding+protein+and+microRNA+target+sites+by+PAR-CLIP.&rft.au=Hafner+M%2C+Landthaler+M%2C+Burger+L%2C+...&rft.date=2010&rft.doi=10.1016%2Fj.cell.2010.03.009&rft.genre=journal&rft.issue=1&rft.jtitle=Cell&rft.pages=129-141&rft.pmc=2861495&rft.pmid=20371350&rft.volume=141.+Jahrgang" style="display:none"> </span></span>
</li>
<li id="cite_note-4"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-4">↑</a></span> <span class="reference-text">J. König, K. Zarnack, G. Rot, T. Curk, M. Kayikci, B. Zupan, D. J. Turner, N. M. Luscombe, J. Ule: <i>iCLIP reveals the function of hnRNP particles in splicing at individual nucleotide resolution.</i> In: <i>Nature Structural Molecular Biology</i> (2010), Band 17, Ausgabe 7, S. 909–915. <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1038/nsmb.1838">10.1038/nsmb.1838</a></span>. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20601959?dopt=Abstract">PMID 20601959</a>; <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3000544/">PMC 3000544</a> (freier Volltext).</span>
</li>
<li id="cite_note-Voet-5"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-Voet_5-0">↑</a></span> <span class="reference-text">Donald Voet, Judith G. Voet, Charlotte W. Pratt: <i>Lehrbuch der Biochemie.</i> Weinheim 2019, ISBN 978-3-527-34286-0, S. 67</span>
</li>
</ol></div><!--htdig_noindex--><div><div class="zim-footer">
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